2020
Druga nagroda za pracę opublikowaną w roku 2019 w konkursie organizowanym przez Polskie Towarzystwo Gastroenterologii, Hepatologii i Żywienia Dzieci - dr n. med. Jan Nowak
Nominacja do Polskiej Nagrody Inteligentnego Rozwoju 2020, w kategorii Naukowiec przyszłości - mgr Aleksandra Glapa-Nowak
Nagroda Naukowa Miasta Poznania oraz o stypendium dla młodych badaczy poznańskiego środowiska naukowego – mgr Aleksandra Glapa-Nowak
2019
Nagroda Ministra Zdrowia za osiągnięcia naukowe będące podstawą nadania stopnia naukowego doktora, w tym za cykl prac pt. "Nowe metody diagnostyczne w gastroenterologii dziecięcej" – dr n. med. Jan Nowak
2017
Nagroda dla młodych naukowców Europejskiego Towarzystwa Gastroenterologii, Hepatologii i Żywienia Dzieci (ESPGHAN) – lek. med. Jan Nowak
2015
Nagroda dla młodych naukowców European Cystic Fibrosis Society – lek. med. Jan Nowak
2014
Nagroda dla młodych naukowców Europejskiego Towarzystwa Gastroenterologii, Hepatologii i Żywienia Dzieci (ESPGHAN) – lek. med. Jan Nowak
Nagroda miasta Poznania dla młodych badaczy ze środowiska poznańskiego – lek. med. Jan Nowak
Stypendium Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego dla Doktorantów – lek. med. Jan Nowak
2013
Nagroda Zespołowa "Złota Helisa" Polskiego Towarzystwa Genetyki
2009
Zespołowa Nagroda Ministra Zdrowia za cykl 8 publikacji dotyczących aspektów morfologicznych i czynnościowych w obrębie przewodu pokarmowego oraz ich wpływu na przebieg kliniczny wybranych schorzeń – zespół Kliniki
2005
Zespołowa Nagroda Ministra Zdrowia za osiągniecia w nauce – zespół Kliniki
2004
Nagroda Indywidualna Ministra Zdrowia za osiągniecia w nauce – prof. dr hab. Jarosław Walkowiak
2002
Nagroda Indywidualna Ministra Zdrowia za osiągniecia w nauce – prof. dr hab. Jarosław Walkowiak
1997
Nagroda dla Młodych Naukowców Fundacji na rzecz Nauki Polskiej – prof. dr hab. Jarosław Walkowiak